Indtastning af et indlæg via live writer

En måde at indtaste et indlæg er at bruge live writer der er et lille program hvor man kan skrive sine indlæg 'offline' og herefter ligge dem i en blog.

Live writer er et godt program, hvis man fx har flere blogs at administre og ønsker at kunne sidde og arbejde i et 'Wordlike' interface.  

For at bruge live writer skal du gøre følgende:

1. Installer live writer og åbne programmet.
2. Du skal nu tilføje din blog hvilket gøres ved at indtaste url'en til bloggen.
3. Du skal også bruge dit brugernavn og dit password.
4. Herefter skulle du kunne indtaste et indlæg og trykke på knappen 'publish' når du ønsker at udgive indlægget.

Fejl i SAS

Både SAS version 8.2 og 9.1.3 laver forkerte beregninger, når man har mere end een random sætninger hvor covarians har: type=sp(...)

Der finde opdateringer til begee versioner af SAS:


Hotfix for V9:
http://ftp.sas.com/techsup/download/hotfix/e9_win_sbcs.html#e9st05
Hotfix for V8:
http://ftp.sas.com/techsup/download/hotfix/82_win_sbcs.html#82ST19

For at installere Hotfix for vesion 9 skal man først installeres Sevicepack 4
(http://ftp.sas.com/techsup/download/hotfix/e9_win_sbcs.html#e9h004)

Jeg har bedt om at få dette rettet på Linux, men det er p.t. endnu ikke gjort.

SASweave - writing LaTeX docs and SAS (and R) code together

A looooong time ago I wrote a small package allowing combining LaTeX, SAS and R into one document. I never took the work any further than the first version...

Russ Lenth from Iowa found it on the Web and he has now created a fully functional program called "SASweave" (see the link) - mainly for working with SAS and LaTeX together, but it is also possible to use it additionally with R code. We are currently writing a little paper about the program, so any input/comments/experiences from you will be appreciated. Currently I am using it when preparing the lecture slides etc. for out mixed model course in Spring 2007. It works fairly well - if I may say so...

Course in generalized linear models

In spring 2007 (start: 26. February) the Unit of Statistic and Decision Analysis offers a course in generalized linear models with biological applications.

The course introduces the modeling (regression analysis) of non-normal observations as for example counts and proportions. Methods to handle correlated observations will also be introduced. The lectures are accompanied by computing exercises using the statistical package ‘R’. Due to its versatility and graphical capacities it has something to offer even to the experienced SAS user.

The course is open to everyone with basic knowledge in statistics. The course is free of charge for PhD students, and other students and employees affiliated to the faculty of agricultural sciences. For other participants the course fee is 12000 DKK. The course has been approved as a PhD course (9 ECTS points) on former KVL.

For additional information please check the course homepage
http://genetics.agrsci.dk/statistics/courses/phd07/


Best regards

Ulrich Halekoh

Using the SQLite database in connection with SAS and R

I have made this small document which explains how to set up an SQLite database and use it from both SAS and R. Working with SQLite is very easy. Comments will be appreciated; I guess the document could be of use in connection with our teaching.

Brug af versionskontrol i gruppen

Versions kontrol er en metode til at gemme forskellige versioner af text dokumenter. Dette kan være nyttigt, hvis man fx skriver flere på en artikel samtidigt og ønsker at kunne genskabe tidligere versioner. Man kan hermed også skrive på samme fil samtidigt.

I praksis foregår det på den måde at de filer man arbejder på ligger centralt på en server og når man så skal arbejde på disse henter man en arbejdskopi ned på sin maskine laver de ændringer man syntes og uploader filerne igen. Alt dette gøres af versions programmet der i vores tilfælde er subversion (svn) . Hvis der er andre der har lavet ændringer samtidigt med en selv, sørger programmet automatisk for at flette filerne sammen. For mere information om versions kontrol se fx her.

For at få versions kontrol til at køre i gruppen skal du bruge:

1. Et stykke klient software, dvs den software du skal havde installeret på din windows PC. Vi vil her bruge TortoiseSVN som kan hentes her. Efter instalition af TortoiseSVN er det nok en god ide at læse introduktionen.
2. En server hvor filerne kan ligge (et repository). Vi har fået oprettet 20 repos på interactive (klosteret). Du skal være oprettet som bruger her.
3. Det er også en god ide at havde oprettet en signatur du bruger sammen med PuTTY Pageant (så du bliver fri for at blive spurgt om dit passwd altid.

Du er nu klar til at oprette et repos for dine filer.

Hvordan opretter jeg et repository?

1. Først skal du havde givet dit repos på serveren et navn. Login på interactive via Putty og gå til vores mappe med repos: 'cd /hag/repos/sbt/'
2. Få et overblik over hvilke repos der er ledige: 'ls'
   Alle mapper med navn 'projxx' er ledige
3. Omdøb en af mapperne til dit ønskede navn fx: 'mv proj08 rpackage'

Du er nu klar til at ligge dine filer på serveren, dvs ind i dit repos som har URL:

svn+ssh://'dit brugernavn'@interactive.agrsci.dk/hag/repos/sbt/'dit repos navn'

Hvordan ligger jeg mine filer i repos for første gang?

For information om import af dine filer til repos v.hj.a. TortoiseSVN se her.

Hvordan henter jeg en arbejdskopi af mit repos og uploader en ny version?

Læs informationen her.

Brug af LaTeX-lignende formler i html

Jeg faldt over denne her side med et java-script der gør det muligt automatisk at lave formler i LaTeX-notation i html-dokumenter. Java-scriptet oversætter simpelthen formlerne inden dokumentet præsenteres for brugerne. Det anvender MathML, så der skal ikke bøvles med billedfiler med formlerne,

Den ser ud til at være meget enkel at bruge og gør det meget lettere at introducere formler.

Hjemmeside om R.A. Fisher

Jeg stødte på den her hjemmeside om Fisher. Den ser ud til at give en god oversigt oversigt om hans forskning, publikationer og skærmydsler. Så hvis man er i tivivl om Neymann, Pearson, Wright etc. så kan man blive oplyst. Fishers involvering med tobaksindustrien er vist ikke beskrevet, men om ikke andet antyder billedet jo en hang til en pibe tobak.

R packages

I have now installed a R package repository on our webserver.
The main reason was, that I wanted a R repository, such that our courses data package
can be installed straightforwardly using the install.packages funtion.

In the directory on our web server

/usr/home/biomet/public_html/software/r/packages

findes en subdirectory structure
bin > windows> contrib > 2.2
and in the lowest direcotry you find
1) zip filen af den datapackage datRep we use in our courses
2) PACKAGES file, that is just a file containing the contents of the DESCRIPTION file of
the packages in this directory.


You access the directory from the net via:
http://gbi.agrsci.dk/biometry/software/r/packages


It is possible to install the data-package from R by
install.packages("dataRep",repos="http://gbi.agrsci.dk/biometry/software/r/packages")

We need to discuss how we mange the package repository in future.

Whenever a new -zip file is added to the directory, the PACKAGES file has to be updated.

Someone adding a package has to do two steps

a) copy his zip file to
/usr/home/biomet/public_html/software/r/packages/bin/windows/2.2
b) running the function write_PACKAGES of the tools package

write_PACKAGES("/usr/home/biomet/public_html/software/r/packages/bin/windows/2.2")

I think, this functions has to be executed in R on the unix machine.

(At the moment I do everything on my PC and copy everything to the web-sever)



I hope that my initiative was not too premature.


Ulrich

Artikel skrivning: Milepæle

På vores sidste møde lovede jeg at udarbejde en liste med milepæle
til artikelskrivningen. Det er lidt svært at beskrive milepæle i en iterativ process. Derfor betyder en milepæl som oftest første grove version. For eksempel betyder en milepæl omkring introduktion, at en hypotese plus en læsbar baggrund/argumentation er klar, men ikke den fuldt færdige version. Så der kan stadig ændres i hypotese/argumentation, også væsentlige ændringer.

Bemærk, at der ikke ligger en rækkefølge i nedenstående punkter. Formentlig har jeg glemt noget, så kommentarer er yderst velkomne. (Husk at tilføje kommentarer via bloggen og ikke via e-mail. Kun ved at bruge bloggen bliver kommentarerne samlet et sted.

De foreslåede milepæle er:

• Disposition / storyboard. (Storyboard antyder, at dispositionen skal give en hurtig oversigt over indholdet/formål i de forskellige afsnit. Hvilket budskab vil du sælge i dette afsnit.)
  
• Arbejdsversion af introduction + formål/hypotese
  
• Litteratur på plads
  
• Teorieudvikling/beskrivelse klar
  
• Resultater foreligger
  
• Resultat beskrivelse på plads
  
• Sammenhængende manuskript klar til revision
  
• Revision færdig
  
• Sendt til finpudsning hos medforfattere
  
• Manus afsendt.
  

En html-version af mindmappen fra vores møde kan findes her (kræver password til vores private hjemmeside)