R-Pakke med data-eksempler
Vi har jo ofte behov for at anvende datasæt som eksempler ved undervisning, eller når vi skriver artikler. Det ender ofte med, at data findes frem i sidste øjeblik, og bagefter glemmer vi alt om data. Derfor har jeg påbegyndt en R-pakke til at gemme og beskrive datasæt fra de forsøg, vi er involveret i.
Det er faktisk ganske let. Når data er finpudset gemmer man dem som en rda fil, og kalder funktionen promptData, som generer en template (*.rd fil) for beskrivelsen af datasættet. Denne template tilrettes. *.rda filen placeres i Data directory for pakken og *.rd filen placeres i man directory. Pakken kompileres og komprimeres og er nu klar. Som eksempel et datasæt med cortisol målinger for grise. I R blev der eksekveret:
save(PigCortisol,file="PigCortisol")
promptData(PigCortisol)
og PigCortisol.rd derefter tilrettet og placeret det rigtige sted.
Pakken DIASData med foreløbigt 2 datasæt (grisevækstdata og cortisoldata med døgnvariation til brug ved eksemplificering af random regression) er placeret her, mens hele kildeteksten er her. Førstnævnte fil installeres i R via Packages|Install from local file. Jeg vil senere placere kildeteksten på vores fælles drev (I:) under biometri\RPackages. I opfordres til at bidrage til samlingen.
Tilføjer 9/1: Så er filerne placeret på fællesdrevet
2 comments:
Jeg er enig med Ulrich i begge hans kommentarer. Så vi skal være omhyggelige med at skrive, hvilken licens, hver pakke er omfattet af.
Det vigtigste er at få beskrevet datasættene så kan vi altid plukke ud af dem, afhængig af om formålet tillader brugen af dem.
Iøvrigt har jeg ændret link'ene så de peger til vores private område på genetics serveren.
Jeg er enig med Ulrich om licensspørgsmålet og, at vi derfor bør lave 2 R-pakker med datasæt. I den forbindelse bør vi nok lave dem med svn (versionskontrol) på vores gbi-server, så vi ikke får problemer med ændringer. Er der nogen, der er friske på at snakke med Timmy om at få lavet noget sådant?
Post a Comment