Brug af versionskontrol i gruppen

Versions kontrol er en metode til at gemme forskellige versioner af text dokumenter. Dette kan være nyttigt, hvis man fx skriver flere på en artikel samtidigt og ønsker at kunne genskabe tidligere versioner. Man kan hermed også skrive på samme fil samtidigt.

I praksis foregår det på den måde at de filer man arbejder på ligger centralt på en server og når man så skal arbejde på disse henter man en arbejdskopi ned på sin maskine laver de ændringer man syntes og uploader filerne igen. Alt dette gøres af versions programmet der i vores tilfælde er subversion (svn) . Hvis der er andre der har lavet ændringer samtidigt med en selv, sørger programmet automatisk for at flette filerne sammen. For mere information om versions kontrol se fx her.

For at få versions kontrol til at køre i gruppen skal du bruge:

1. Et stykke klient software, dvs den software du skal havde installeret på din windows PC. Vi vil her bruge TortoiseSVN som kan hentes her. Efter instalition af TortoiseSVN er det nok en god ide at læse introduktionen.
2. En server hvor filerne kan ligge (et repository). Vi har fået oprettet 20 repos på interactive (klosteret). Du skal være oprettet som bruger her.
3. Det er også en god ide at havde oprettet en signatur du bruger sammen med PuTTY Pageant (så du bliver fri for at blive spurgt om dit passwd altid.

Du er nu klar til at oprette et repos for dine filer.

Hvordan opretter jeg et repository?

1. Først skal du havde givet dit repos på serveren et navn. Login på interactive via Putty og gå til vores mappe med repos: 'cd /hag/repos/sbt/'
2. Få et overblik over hvilke repos der er ledige: 'ls'
   Alle mapper med navn 'projxx' er ledige
3. Omdøb en af mapperne til dit ønskede navn fx: 'mv proj08 rpackage'

Du er nu klar til at ligge dine filer på serveren, dvs ind i dit repos som har URL:

svn+ssh://'dit brugernavn'@interactive.agrsci.dk/hag/repos/sbt/'dit repos navn'

Hvordan ligger jeg mine filer i repos for første gang?

For information om import af dine filer til repos v.hj.a. TortoiseSVN se her.

Hvordan henter jeg en arbejdskopi af mit repos og uploader en ny version?

Læs informationen her.

Brug af LaTeX-lignende formler i html

Jeg faldt over denne her side med et java-script der gør det muligt automatisk at lave formler i LaTeX-notation i html-dokumenter. Java-scriptet oversætter simpelthen formlerne inden dokumentet præsenteres for brugerne. Det anvender MathML, så der skal ikke bøvles med billedfiler med formlerne,

Den ser ud til at være meget enkel at bruge og gør det meget lettere at introducere formler.

Hjemmeside om R.A. Fisher

Jeg stødte på den her hjemmeside om Fisher. Den ser ud til at give en god oversigt oversigt om hans forskning, publikationer og skærmydsler. Så hvis man er i tivivl om Neymann, Pearson, Wright etc. så kan man blive oplyst. Fishers involvering med tobaksindustrien er vist ikke beskrevet, men om ikke andet antyder billedet jo en hang til en pibe tobak.

R packages

I have now installed a R package repository on our webserver.
The main reason was, that I wanted a R repository, such that our courses data package
can be installed straightforwardly using the install.packages funtion.

In the directory on our web server

/usr/home/biomet/public_html/software/r/packages

findes en subdirectory structure
bin > windows> contrib > 2.2
and in the lowest direcotry you find
1) zip filen af den datapackage datRep we use in our courses
2) PACKAGES file, that is just a file containing the contents of the DESCRIPTION file of
the packages in this directory.


You access the directory from the net via:
http://gbi.agrsci.dk/biometry/software/r/packages


It is possible to install the data-package from R by
install.packages("dataRep",repos="http://gbi.agrsci.dk/biometry/software/r/packages")

We need to discuss how we mange the package repository in future.

Whenever a new -zip file is added to the directory, the PACKAGES file has to be updated.

Someone adding a package has to do two steps

a) copy his zip file to
/usr/home/biomet/public_html/software/r/packages/bin/windows/2.2
b) running the function write_PACKAGES of the tools package

write_PACKAGES("/usr/home/biomet/public_html/software/r/packages/bin/windows/2.2")

I think, this functions has to be executed in R on the unix machine.

(At the moment I do everything on my PC and copy everything to the web-sever)



I hope that my initiative was not too premature.


Ulrich

Artikel skrivning: Milepæle

På vores sidste møde lovede jeg at udarbejde en liste med milepæle
til artikelskrivningen. Det er lidt svært at beskrive milepæle i en iterativ process. Derfor betyder en milepæl som oftest første grove version. For eksempel betyder en milepæl omkring introduktion, at en hypotese plus en læsbar baggrund/argumentation er klar, men ikke den fuldt færdige version. Så der kan stadig ændres i hypotese/argumentation, også væsentlige ændringer.

Bemærk, at der ikke ligger en rækkefølge i nedenstående punkter. Formentlig har jeg glemt noget, så kommentarer er yderst velkomne. (Husk at tilføje kommentarer via bloggen og ikke via e-mail. Kun ved at bruge bloggen bliver kommentarerne samlet et sted.

De foreslåede milepæle er:

• Disposition / storyboard. (Storyboard antyder, at dispositionen skal give en hurtig oversigt over indholdet/formål i de forskellige afsnit. Hvilket budskab vil du sælge i dette afsnit.)
  
• Arbejdsversion af introduction + formål/hypotese
  
• Litteratur på plads
  
• Teorieudvikling/beskrivelse klar
  
• Resultater foreligger
  
• Resultat beskrivelse på plads
  
• Sammenhængende manuskript klar til revision
  
• Revision færdig
  
• Sendt til finpudsning hos medforfattere
  
• Manus afsendt.
  

En html-version af mindmappen fra vores møde kan findes her (kræver password til vores private hjemmeside)

Links til programredskaber

Som opfølgning fra vores diskussion på gruppemødet.

Freemind er redskabet til at lave mindmaps. Lidt mere om mindmaps (opfundet af) Tony Buzan kan findes her

Redskabet til projekt planlægning, Gantt-project er lidt mindre finpudset, så man skal være forberedt på problemer. Iøvrigt har institutionen winproject, som er Microsofts noget mere omfattende product.

Tæller til websider kan oprettes (gratis) hos Sitemeter. Hvis i følger instruktionerne når I frem til at få noget html kode der blot skal pastes ind i html-koden på websiden

En enkelt tilføjelse. Lars spurgte til min "hjemmeside" opsætning på computeren. Jeg kan stærkt anbefale at bruge netvibes til at lave en hjemmeside. Det er lært at følge med i opdateringer af diverse blogs, nyhedssider, vejrmeldinger etc. Blandt andet har jeg sat den op til automatisk at modtage opdateringer om disse blogsider. Interesserede kan kontakte undertegnede, specielt hvis RSS og Atom ikke siger jer noget

Slides fra foredrag i Årslev vedr. GLM vs MIXED

Jeg var på Årslev igår og holdt et indlæg om GLM vs MIXED, primært med fokus på, hvorfor jeg normalt anbefaler brug af MIXED istedet for GLM ved forsøgsopgørelser.

Slidenes kan downloades, samlet med 6 slides per side.

Billedet inspireret af en af konsultationerne

Hilsen fra Matthias Greiner

Matthias Greiner, der indtil fornylig var leder af EPILAB på Danmarks Fødevareforskning (tidligere SVS) har sendt en hilsen samt sin nye adresse,

Matthias Greiner
PD Dr. med. vet., MSc, Dipl. ECVPH

Bundesinstitut fuer Risikobewertung (BfR)
Wissenschaftliche Querschnittsaufgaben
Fachgruppe 33 - Epidemiologie, Biometrie und mathematische Modellierung

Federal Institute for Risk Assessment (BfR)
Scientific Services
Unit 33 - Epidemiology, Biostatistics and Mathematical Modelling

Internet: www.bfr.bund.de

Jeg har også hans e-mail addresse hvis det har interesse

R-Pakke med data-eksempler

Vi har jo ofte behov for at anvende datasæt som eksempler ved undervisning, eller når vi skriver artikler. Det ender ofte med, at data findes frem i sidste øjeblik, og bagefter glemmer vi alt om data. Derfor har jeg påbegyndt en R-pakke til at gemme og beskrive datasæt fra de forsøg, vi er involveret i.

Det er faktisk ganske let. Når data er finpudset gemmer man dem som en rda fil, og kalder funktionen promptData, som generer en template (*.rd fil) for beskrivelsen af datasættet. Denne template tilrettes. *.rda filen placeres i Data directory for pakken og *.rd filen placeres i man directory. Pakken kompileres og komprimeres og er nu klar. Som eksempel et datasæt med cortisol målinger for grise. I R blev der eksekveret:

save(PigCortisol,file="PigCortisol")
promptData(PigCortisol)

og PigCortisol.rd derefter tilrettet og placeret det rigtige sted.

Pakken DIASData med foreløbigt 2 datasæt (grisevækstdata og cortisoldata med døgnvariation til brug ved eksemplificering af random regression) er placeret her, mens hele kildeteksten er her. Førstnævnte fil installeres i R via Packages|Install from local file. Jeg vil senere placere kildeteksten på vores fælles drev (I:) under biometri\RPackages. I opfordres til at bidrage til samlingen.

Tilføjer 9/1: Så er filerne placeret på fællesdrevet

Sitemeter tilføjet

Så blev der tilføjet et sitemeter så vi kan følge den voldsomme trafik.

Desuden er der lavet en advisering om opdatering til Lars og undertegnede, for at få det aftestet

Blog oprettet

Hermed er sbt's nye blog for diverse meddelser oprettet.